在留申請オンラインシステムにログインできない｜エラー別の原因と対処法

在留申請オンラインシステムにログインできないときは、まず「どの画面で止まっているか」を切り分けます。利用者IDとパスワードの画面で止まるなら、パスワードを5回続けて誤ったことによるロック（24時間で自動解除、再設定で即時解除）か、利用者IDの取り違えが原因であることがほとんどです。マイナンバーカードの読み取りで止まるなら、2026年1月5日に稼働した新システムでICカードリーダーが使えなくなったこと、カードの暗証番号のロック、電子証明書の期限切れを疑います。さらに2026年9月28日には、出入国在留管理庁がアクセス集中によりログインできない事象が起きていると公表しており、10月1日の手数料改定を前にした一時的な混雑も原因になっています。

まず切り分ける｜止まっている画面ごとの原因一覧

在留申請オンラインシステムは、利用者ID・パスワードによるログインと、マイナンバーカードによる本人確認（外国人本人・法定代理人・親族の場合）という2段階の仕組みになっています。どちらで止まっているかによって、原因も相談先も変わります。

以下、場面ごとに一次資料の記載を確認しながら対処を説明します。

パスワードのロック｜5回誤ると24時間ログインできない

出入国在留管理庁の操作マニュアル（外国人本人・法定代理人・親族用）と「オンラインでの申請手続に関するＱ＆Ａ」（2026年6月時点）は、パスワードを5回続けて間違えるとアカウントがロックされ、24時間が経過すると解除されると定めています（Q&A 12-7）。すぐに解除したい場合は、ログイン画面の「パスワードを忘れた場合はこちら」からパスワードを再設定すれば、ロックも解除されます。

再設定の際に通らないことが多いのが、パスワードの条件です。マニュアルでは、長さは10文字から32文字で、英大文字・英小文字・数字・記号（$%&=@_#*+-?!）の4種類をそれぞれ1文字以上使うことになっています。記号は使える種類が限られているため、普段使っているパスワードの記号がこの一覧にないとエラーになります。

ロックと混同しやすいのが、自動ログアウトです。画面の移動などの操作が3時間以上ないと、システムから自動的にログアウトされます。入力途中で長く放置した後に操作できなくなった場合は、ロックではなくこの自動ログアウトなので、もう一度ログインすれば足ります。2026年1月の新システムでは入力途中の一時保存機能が加わっているため、長い申請は区切りのよいところで保存しながら進めてください。

利用者IDを忘れた・違うIDを入れている

利用者IDを忘れた場合、Q&A 12-5は、ログイン画面の「利用者IDを忘れた場合はこちら」から、登録しているメールアドレスと氏名（英字）を入力すればメールで知らせるとしています。この方法が使えない場合は、「在留申請オンラインシステム利用者ID確認申出書（別記第15号様式）」を最寄りの地方出入国在留管理官署に郵送または窓口で提出します。

IDの取り違えでよくあるのが、電子届出システムの利用者IDを入れてしまうケースです。操作マニュアルは、所属機関に関する届出などに使う電子届出システムの利用者ID（旧：認証ID）とパスワードでは、在留申請オンラインシステムにログインできないと明記しています。二つのシステムは入口の画面が似ていますが、IDは別々に取得する必要があります。

逆に、2025年12月31日以前に在留申請オンラインシステムで認証IDとパスワードを設定していた外国人本人・法定代理人・親族は、新システムでも同じ認証IDとパスワードでログインできます。ただし、2025年12月以前の申請案件は、新システムの申請情報一覧画面に表示されなくなっています（システム改修時に申請中だった案件を除く）。「ログインはできるのに過去の申請が見えない」という相談は、この仕様によるものです。

メールが届かない

利用者登録は、ログイン画面の「新規登録」でメールアドレスを入力し、届いたURLから登録画面に進む流れです。操作マニュアルによれば、登録画面に進めるのはメールが送られてから24時間以内で、過ぎるとメールアドレスの入力からやり直しになります。

メールが届かない場合、Q&A 2-4・2-5・12-8は、受信拒否設定がされている可能性があるとして、「@rasens-immi.moj.go.jp」のドメインを受信できるよう設定するよう求めています。利用者登録または利用申出から1日以上経っても届かなければ、在留申請オンラインシステムヘルプデスクに連絡します。フリーメールの使用自体は禁止されていませんが、会社のメールアドレスで登録する場合は、社内のセキュリティ設定で外部からの自動送信メールが隔離されていないかを情報システム担当に確認してください。

マイナンバーカードが読み取れない｜ICカードリーダーは使えない

外国人本人・法定代理人・親族が利用申出をするときは、マイナンバーカードの読み取りが必要です。ここで重要なのは、2026年1月5日の新システムへの移行で、読み取りの方法が変わったことです。Q&A 2-18は「新しいシステムでは、マイナンバーカードの読み取りにICカードリーダーは使用できません」とし、スマートフォンのマイナポータルアプリを使うよう案内しています。以前はパソコンにICカードリーダーをつないで読み取っていた人が、同じ手順で進めようとしてつまずくのは、この変更のためです。

新しい手順では、パソコンの画面に表示される二次元コードをマイナポータルアプリで読み取り、アプリにマイナンバーカードの利用者証明用暗証番号を入力して、カードをスマートフォンで読み取ります。Q&A 2-20が挙げる読み取りの注意点は次のとおりです。

• 暗証番号の入力から読取完了まで、スマートフォンとカードをぴったり当て続ける
• 読み取りの完了まで5秒以上かかる場合がある
• 金属の机の上では読み取れない場合がある
• スマートフォンのカバーを外すと読み取りやすくなる場合がある
• 充電ケーブルやイヤホンのケーブルを外す
• Androidの場合はNFC（おサイフケータイ）機能をオンにする

本人がマイナポータルアプリに対応したスマートフォンを持っていない場合、Q&A 2-21は、家族など本人以外のスマートフォンを認証に使ってよいとしています。使うカードは必ず外国人本人のもので、暗証番号は本人が管理することが条件です。会社の担当者のスマートフォンを貸す場面もあり得ますが、暗証番号を担当者が聞き取って入力する運用は避け、本人に入力してもらってください。

スマートフォンのブラウザで申請画面そのものを操作することについて、Q&A 11-1は動作を保証していないとしており、申請の入力はパソコン（Windows・macOS、ブラウザはMicrosoft Edge推奨、Google Chrome・Safariも利用可）で行う前提です。

暗証番号のロックと電子証明書の期限切れ

マイナンバーカードの暗証番号を3回続けて誤ってロックされた場合、Q&A 2-22は、近くのコンビニまたは住民票のある市区町村の窓口でリセット（初期化と再設定）をするよう案内しています。暗証番号そのものを忘れた場合は、マイナンバー総合フリーダイヤルへの問い合わせになります（Q&A 2-8）。入管のヘルプデスクではカードの暗証番号は扱えません。

見落とされやすいのが、電子証明書の有効期限です。Q&A 2-15によれば、外国人本人・法定代理人・親族の利用者IDの有効期限は、登録時に使ったマイナンバーカードの電子証明書の有効期限までです。利用を続けるには、有効な電子証明書が入ったマイナンバーカードで改めて利用申出をする必要があります。外国人のマイナンバーカードは在留期間に連動して有効期限が決まるため、在留期間の更新のたびにカードの期限と電子証明書の更新手続が必要になります。

特例期間中の追加資料の提出にも影響があります。Q&A 4-42は、電子証明書の有効期間が過ぎていると、ログインはできてもオンラインで追加資料を出せないとしており、その場合は申請先の官署の窓口か郵送で出すことになります。出入国在留管理庁は、2026年1月以降、更新・変更の申請後に在留期限までにマイナンバーカードの有効期限を延長しないまま特例期間に入った外国人本人は、オンラインで資料を提出できなくなると告知しています。申請が済んだら、在留期限までに市区町村でマイナンバーカードの有効期限の延長手続を済ませておくのが安全です。

所属機関の職員が使えなくなった場合

会社の人事担当者など、所属機関の職員として利用申出をした人は、マイナンバーカードではなく承認の有効期間の管理が要になります。Q&A 3-7によれば、有効期間は承認の日から3年間です。新システムへの更改で、所属機関等の利用者IDの有効期間は1年間から3年間に延びました。継続して使うには、有効期限に関するメールが届いた後、期限の1か月前までに定期報告をする必要があります。定期報告を忘れて期限が過ぎると、ログインしても申請ができなくなります。

利用者IDは個人ごとに付与され、他人のIDを使うことは禁止されています（Q&A 1-9・3-8）。担当者が異動・退職したからといって、前任者のIDとパスワードを引き継いで使うことはできません。担当者が変わる場合は追加利用申出を行い、離職した場合は「離職報告書（別記第11号様式）」を提出します（Q&A 10-3）。人事異動の時期に、オンライン申請の担当者の引継ぎを手続として組み込んでおくと、更新申請の直前に使えないことが分かるという事態を防げます。

弁護士・行政書士の利用者IDは、届出済証明書の有効期限まで有効です。申請等取次者証明書番号が変わった場合はログインできなくなるため、利用者情報変更届出が必要です（Q&A 2-16）。行政書士に依頼している申請でシステムの不具合が生じた場合は、依頼先に状況を確認してください。

アクセス集中・メンテナンス・在留期限の当日

利用者側に原因がない場合もあります。出入国在留管理庁は2026年9月28日、在留申請オンラインシステムにアクセスが集中し、「ログインできない、申請画面に遷移しない、順番待ちのため申請できないといった事象」が確認されていると注意喚起しました。アクセスが集中する日中の時間帯を避けるか、速やかな申請が必要な事情がある人は、地方出入国在留管理官署の窓口で申請するよう求めています。

この混雑の背景には、10月1日の手数料改定があります。改定後の手数料は2026年10月1日以後に申請して許可を受ける人が納め、9月30日までに受け付けた申請は、許可が10月1日以降でも改定前の額になります。9月30日の20時から10月1日の3時までは、在留申請オンラインシステムと電子届出システムのメンテナンスが予定されており、この間は申請できません。9月30日中の受付を狙う場合、夜間に申請するという選択肢も実質的に使えないことになります。新旧の手数料と受付日の関係は在留資格の更新手数料はいつから上がる？で比較しています。

10月1日以降は、手数料の納め方も変わります。オンラインで受け付けた申請に対する許可の手数料は、収入印紙による納付から、出入国在留管理庁長官が指定する事業者を通じたコンビニ決済または銀行決済に変更されました。窓口で申請した場合は従来どおり収入印紙です。

もう一つ、在留期限の最終日（在留期間満了日の当日）には在留申請オンラインシステムで申請できません。当日に申請が必要な場合は、管轄の地方出入国在留管理官署の窓口で申請します。期限間際の申請を避けるための考え方は在留資格の変更・更新はいつまでに申請する？にまとめています。

ヘルプデスクに連絡するときに伝えること

操作方法に関する問い合わせ先は、在留申請オンラインシステムヘルプデスクです。

• 電話：050-3786-3053（月曜日から金曜日の9時から17時。休日と12月29日から1月3日を除く）
• メール：mjf.support.cw@hitachi-systems.com（24時間受付、返信は平日のみ）

連絡の際は、利用者区分（外国人本人、所属機関等の職員など）、止まっている画面の名前、表示されたメッセージの文言、使っている端末とブラウザ、スマートフォンの機種を伝えると、やり取りが短く済みます。画面の写しをメールに添えるのも有効です。ヘルプデスクが扱うのはシステムの操作で、申請の許否や必要書類の判断は扱いません。書類の内容に関する質問は外国人在留総合インフォメーションセンターに問い合わせることになります。

よくある質問

在留申請オンラインシステムはスマホだけで申請できますか？

出入国在留管理庁は、スマートフォンやタブレットのブラウザでの動作を保証しておらず、パソコンの利用を求めています（Q&A 11-1）。スマートフォンが必須になるのは、マイナポータルアプリでマイナンバーカードを読み取る場面です。

在留申請オンラインシステムは英語で使えますか？

英語に対応していますが、それ以外の言語には対応していません（Q&A 11-2）。

在留申請オンラインシステムで永住許可申請はできますか？

できません。永住許可申請と、在留カードに関する手続（住居地以外の記載事項変更届出、在留カードの有効期間更新申請など）は、在留申請オンラインシステムの対象外です（Q&A 1-5）。

「発行待ち」と表示されたまま審査完了メールが届きません。

郵送で受け取る場合、「発行待ち」は審査が完了し、在留カード等がまだ発行されていない状態を指します。Q&A 6-5は、審査完了メールが届いていなくても「発行待ち」と表示されていれば、受領に必要な書類を東京出入国在留管理局オンライン審査第二部門おだいば分室に簡易書留またはレターパックで送ってよいとしています。

同じマイナンバーカードで複数の利用者登録はできますか？

利用者区分が違えば登録できますが、同じ利用者区分で複数の登録はできません（Q&A 2-9）。利用者区分を誤って登録した場合は変更できないため、利用者情報抹消申出書を出して登録をやり直します（Q&A 1-8）。

期限が迫っているときの判断軸

ログインできない原因の多くは、待つか再設定すれば解消します。問題は、在留期限が迫っていて待つ時間がない場合です。判断の軸は単純で、在留期限まで1週間以上あり原因がパスワードやメール設定なら、再設定やヘルプデスクへの連絡でオンライン申請を続けられます。マイナンバーカードの暗証番号や電子証明書が原因で市区町村の手続が必要な場合、在留期限の当日に当たる場合、アクセス集中で申請画面に進めない場合は、窓口申請に切り替えるほうが確実です。

外国人社員の更新を会社がまとめて扱っている場合は、担当者の承認期間（3年）と定期報告の時期を人事の年間予定に入れ、社員本人が申請する場合は、マイナンバーカードの期限と電子証明書の更新を在留期間の更新とセットで案内しておくと、「当日ログインできない」事態の多くは前もって防げます。オンライン申請の仕組みと企業の利用申出の流れは在留申請オンラインシステムとは？企業の利用申出から申請までの流れ、本人がスマホを使って更新する手順は在留カード更新をオンラインで｜本人申請の手順とスマホの役割・必要なもので解説しています。

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根拠資料

• 在留申請のオンライン手続（出入国在留管理庁）
• オンラインでの申請手続に関するＱ＆Ａ（出入国在留管理庁・2026年6月時点）
• 【注意喚起】在留申請オンラインシステムのアクセス集中について（出入国在留管理庁・2026年9月28日）
• 【お知らせ】新しい在留申請オンラインシステムについて（出入国在留管理庁・2026年1月5日）
• 令和8年1月以降におけるマイナンバーカードの手続状況による在留申請オンラインシステムの利用可能な機能について（出入国在留管理庁）
• 令和8年10月1日付け在留許可手数料の額の改定等について（出入国在留管理庁）

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