「システム開発を進めたいけれど、費用の壁が大きい」「補助金が使えると聞いたけど、どれを選べばいいかわからない」――そんなお悩みを持つ中小企業・個人事業主の方に向けて、今回は2025年最新の「システム開発に使える補助金」5制度を徹底解説します。

実は、補助金にはそれぞれ対象事業や補助率、採択されやすいポイントが異なります。自社の開発目的にマッチする制度を選ぶことで、最大1億円規模の補助を受けられる可能性もあります。

本記事では、「ものづくり補助金」「IT導入補助金」「新事業進出補助金」「省力化投資補助金（一般型）」「小規模事業者持続化補助金」の5つに絞って、目的別の使い分け方や申請時の注意点までわかりやすく解説。
補助金を活用して、費用を抑えながら、より効果的なシステム開発を実現しましょう。

1.システム開発に使える補助金【2025年版】

システム開発に使える主な補助金は以下の通りです。2025年は様々な補助金が公募されていますので、違いをまとめてみました。

それぞれの制度は、「補助金の目的」と「対象となるシステムの規模・内容」によって使い分ける必要があります。IT導入補助金は登録ツールからの申請になることや、「省力化投資補助金（一般型）」はオーダーメイドである必要があるなどです。次章では、それぞれの補助金について「どんなシステムに向いているか」「どんな事業者におすすめか」をわかりやすくご紹介します。

2.補助金ごとの特徴とおすすめ活用シーン

ものづくり補助金

スクラッチ型のシステム開発や業務の根本的な見直しにおすすめ

（ものづくり補助金2025チラシ）

ものづくり補助金は、革新的な新製品・新サービス・生産プロセスの開発に向けた補助金です。創業間もない企業も可・個人事業主でも従業員０名でも申請可能で、中小企業が技術的な課題を乗り越え、新しい価値を創出する取り組みに対して支援する制度です。

単なる既存業務の効率化ではなく、「革新性」があるかどうかがポイントです。さらに、要件として「付加価値向上」や「賃上げ」の見込みが求められるため、しっかりとした事業計画書が必要です。

ものづくり補助金2025特設サイトはこちら

IT導入補助金

既製のクラウドツールや業務ソフトの導入におすすめ

（IT導入補助金2025チラシ）

「IT導入補助金」は、中小企業・小規模事業者が生産性向上や業務効率化を目的としてITツールを導入する際に活用できる補助金です。対象となるのは、あらかじめ登録されたSaaSやクラウドサービスなどです。

スクラッチ開発は対象外ですが、すでに完成された信頼性の高いツールを導入して業務改善したい場合には非常に有効です。

補助率は導入内容によって1/2〜3/4、補助額は最大450万円です。

対象になるツールは「IT導入補助金2025サイト」で確認できます

新事業進出補助金

新たな市場に挑戦する中小企業を支援。高い「市場性」と「付加価値」が求められる制度。

（新事業進出補助金2025チラシ）

「新事業進出補助金」は、新規事業への挑戦を目指す中小企業の設備投資を促進する補助金です。既存の顧客や製品市場を“社会的普及度や認知度”という視点で判断し、そこに対して新しい価値をもたらす取り組みを求める補助金になったという点で、事業再構築補助金よりもより厳格になっています。

注意：原則として1期以上の決算実績があり、従業員数１名以上いることが条件です

「新市場性」と「高付加価値性」どちらかを満たすことができれば申請が可能です。

補助額は最大1億円（従業員規模に応じて変動）と非常に高く、補助率は原則1/2。中堅～成長志向の中小企業が、本格的に新分野へ進出する際に適した大型補助金だと思います。

新事業進出補助金特設サイトはこちら

省力化投資補助金（一般型）

人手不足や業務効率化に悩む現場を支援。AI・IoT・RPAなどの省人化投資におすすめ

（中小企業省力化投資補助金一般型2025チラシ）

「省力化投資補助金（一般型）」は、中小企業が人手不足の解消や労働生産性の向上を目的として、自社の課題に合わせた設備やシステムを導入する際に活用できる補助金です。
※2024年度より「カタログ型」とは別に、より柔軟な投資に対応した「一般型」が創設されました。

この「一般型」は、カタログに載っていない自社特有の課題に応じた“オーダーメイドの省力化投資”に対応しているのが最大の特徴です。
製造・物流・飲食・サービス業など、現場業務の省力化や無人化を検討している企業には非常に相性のよい制度といえます。

中小企業省力化投資補助金一般型2025特設サイトはこちら

小規模事業者持続化補助金

小規模だからこそ選べる、実践的で取り組みやすい補助金制度。

（小規模事業者持続化補助金2025チラシ）

「小規模事業者持続化補助金」は、個人事業主や小規模法人が販路拡大や業務効率化のために活用できる補助金です。補助額は比較的コンパクトですが、建物改装・設備投資・システム開発・広告販促と対象経費の幅が広く、実際の事業活動に直結する支援が受けられるのが特徴です。まだ補助金を使ったことがない方にもおすすめです。

小規模事業者だけが対象です。対象になるかは、従業員数を確認しましょう。

申請の手続きが比較的分かりやすく、補助金を活用して事業の基盤を整備したい方にとって心強い制度です。創業間もない方や、これから事業を広げていきたい方にもおすすめできます。

注意：申請サイト・制度が分かれています

一般型通常枠　

〉小規模事業者持続化補助金＜一般型＞特設サイト

創業型

〉小規模事業者持続化補助金＜創業型＞特設サイト

※申請スケジュールや提出書類も異なるため、必ず自分が対象とする枠の公式情報を確認するようにしましょう。また。創業型は「特定創業支援等事業」の認定書が必要です。

まとめ｜目的に合った補助金を選んで、効果的なシステム開発を

一口に「補助金でシステム開発」といっても、その制度ごとに対象となる開発内容や要件、申請の難易度は大きく異なります。
本記事でご紹介したように、

といった目的によって、活用すべき補助金は変わってきます。

2025年現在、補助金制度は複雑化しており、スケジュールや要件の更新も頻繁です。
「うちの開発にはどれが使えるの？」「やっぱり違いが分からない」という方はお気軽にご相談ください。

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